Όσο ζούσε ο Αριστοτέληςδημοσίευσε έναν περιορισμένο αριθμό έργων, κάποια από τα οποία ήταν διάλογοι που απευθύνονταν στο ευρύ κοινό και κάποια άλλα πραγματείες με επίκεντρο την πλατωνική θεωρία των Ιδεών. Από τα έργα αυτά κανένα δεν σώθηκε ολόκληρο. Έφτασαν όμως στα χέρια μας τα αδημοσίευτα διδακτικά του συγγράμματα, ή μάλλον οι προσωπικές του σημειώσεις επάνω στις οποίες στήριζε τη διδασκαλία στους μαθητές του.
Οι αρχαίες πηγές μάς μεταφέρουν μια μυθιστορηματική εκδοχή της διάσωσής τους. Τα χειρόγραφα του Αριστοτέλη κληροδοτήθηκαν μετά τον θάνατό του στους διαδόχους του στο Λύκειο, μεταφέρθηκαν στη συνέχεια στη Σκήψη της Μικράς Ασίας όπου έμειναν θαμμένα σε μια σπηλιά και ξεχασμένα για περισσότερο από διακόσια χρόνια, ώσπου αγοράστηκαν από κάποιον πλούσιο Αθηναίο στις αρχές του 1ου αιώνα π.Χ. και επέστρεψαν στην Αθήνα. Μετά την κατάληψη της Αθήνας από τους Ρωμαίους το 86 π.Χ., μεταφέρθηκαν σαν πολύτιμη λεία στη Ρώμη, και πενήντα περίπου χρόνια αργότερα εκδόθηκαν από έναν προικισμένο φιλόλογο και γνώστη της φιλοσοφίας του Αριστοτέλη, τον Ανδρόνικο τον Ρόδιο. Με την έκδοση του Ανδρόνικου τα αριστοτελικά συγγράμματα πήραν την οριστική τους μορφή, αυτή που έχουμε και εμείς σήμερα μπροστά μας όταν διαβάζουμε τον Αριστοτέλη.
Οι λεπτομέρειες αυτής της ιστορίας δεν έχουν ιδιαίτερη σημασία - δεν αποκλείεται να είναι ως έναν βαθμό φανταστικές. Είναι πάντως γεγονός ότι η μεγάλη διάδοση της σκέψης του Αριστοτέλη αρχίζει μόνο όταν εκδίδονται τα διδακτικά του συγγράμματα, τρεις αιώνες μετά τον θάνατό του. Αν τα χειρόγραφα είχαν χαθεί, η ιστορία της μεταγενέστερης φιλοσοφίας θα ήταν διαφορετική, αφού το έργο του Αριστοτέλη αποτέλεσε τη βάση της φιλοσοφίας των Βυζαντινών, των Αράβων και των Σχολαστικών της Δύσης.
Πιο σημαντική όμως είναι μια άλλη συνέπεια της περίεργης αυτής ιστορίας. Το υλικό που έφτασε στα χέρια του Ανδρόνικου δεν προοριζόταν για δημοσίευση· φανταζόμαστε ότι περιείχε σημειώσεις των μαθημάτων του Αριστοτέλη, με διάσπαρτες προσθήκες, αναθεωρήσεις και απορίες, κάποιες ημιτελείς πραγματείες, σχεδιάσματα μελλοντικών έργων, συλλογές εμπειρικών δεδομένων. Ο Ανδρόνικος συνένωσε τα διάφορα μαθήματα του Αριστοτέλη σε ενιαίες πραγματείες με κριτήριο την κοινότητα της θεματολογίας, ίσως να συμπλήρωσε και ο ίδιος κάποια κενά ή να διόρθωσε γλωσσικές ατέλειες, και έδωσε τελικά στις πραγματείες αυτές τον τίτλο που φέρουν και σήμερα - για παράδειγμα, στα Φυσικά περιέλαβε τις παραδόσεις του Αριστοτέλη για τις έννοιες της φύσης, της κίνησης, του χρόνου, του χώρου κτλ. Έτσι οργανώθηκε το έργο του Αριστοτέλη σε μια πλειάδα αυτόνομων συγγραμμάτων, η εμβέλεια των οποίων καλύπτει όλο το φάσμα των γνώσεων και η συνολική τους έκταση είναι περίπου τριπλάσια από τους διάλογους του Πλάτωνα.
Η αίσθηση που έχει όποιος προσεγγίζει το μνημειώδες αυτό έργο είναι ότι βρίσκεται μπροστά σε ένα πλήρες φιλοσοφικό σύστημα, στην πρώτη συνεκτική θεωρία που ερμηνεύει κάθε πλευρά της πραγματικότητας. Προηγούνται τα λογικά συγγράμματα, στα οποία ο Ανδρόνικος έδωσε τον τίτλο Όργανον, δηλαδή εργαλείο της γνώσης. Ακολουθούν τα φυσικά συγγράμματα, καθένα από τα οποία αφιερώνεται σε έναν τομέα φυσικών φαινομένων: τα Φυσικά μελετούν τις γενικές αρχές της φυσικής επιστήμης· το Περί ουρανού, τα Μετεωρολογικά, και το Περί γενέσεως και φθοράς μελετούν αντιστοίχως την κοσμολογία, τη μετεωρολογία και τη δομή της ύλης· το Περί ψυχής μελετά τη φυσιολογία του ανθρώπου, και τα πολυάριθμα βιολογικά του συγγράμματα μελετούν τα έμβια όντα.
Μετά τα φυσικά συγγράμματα, ο Ανδρόνικος τοποθέτησε ένα έργο που περιλαμβάνει τις γενικές αρχές της φιλοσοφίας του Αριστοτέλη, τις βασικές του θέσεις για τη φύση των όντων. Το ονόμασε Μετά τα φυσικά, ακριβώς γιατί έρχεται μετά τη μελέτη της φύσης - κι έτσι προίκισε τη μεταγενέστερη φιλοσοφία με μια νέα θεμελιώδη έννοια, την έννοια της «μεταφυσικής». Η πρακτική πλευρά της φιλοσοφίας, η μελέτη της ηθικής και πολιτικής συμπεριφοράς των ανθρώπων καλύπτονται αντιστοίχως με τα Ηθικά και τα Πολιτικά του Αριστοτέλη. Τέλος, το αριστοτελικό έργο συμπληρώνεται με πραγματείες που αφιερώνονται σε διάφορες τέχνες, όπως η Ρητορική, που καθορίζει τους τύπους της πειστικής επιχειρηματολογίας, και η Ποιητική, που μελετά τη θεωρία της ποιητικής δημιουργίας και ειδικότερα της αρχαίας τραγωδίας.
Αποτελεί όμως η φιλοσοφία του Αριστοτέλη ένα τόσο ενιαίο σύστημα όσο δείχνει η κατάταξη των έργων του; Η μελέτη μιας αριστοτελικής πραγματείας αρκεί για να αναιρέσει την εικόνα της αυστηρής συστηματικότητας. Η ειδικότητα του Αριστοτέλη, το ιδιαίτερο ταλέντο του, είναι η ανάδειξη κρίσιμων προβλημάτων. Ο Αριστοτέλης ξεκινά πάντοτε από ένα πρόβλημα, από ένα πρόβλημα που του δίνει την ευκαιρία να κρίνει τις υπάρχουσες απαντήσεις, να προχωρήσει σε λεπτές διακρίσεις, και να εντοπίσει τον πυρήνα του σε ένα φιλοσοφικό δίλημμα, σε μια κρίσιμη «απορία». Ακολουθεί κατά κανόνα η δική του απάντηση, συχνά όμως προτείνονται περισσότερες από μία εναλλακτικές λύσεις που αφήνονται ανοιχτές. Ο Αριστοτέλης δείχνει να θεωρεί πιο σημαντική τη συζήτηση που οδηγεί στη διατύπωση μιας φιλοσοφικής θέσης από την αξία της ίδιας της θέσης. Γι᾽ αυτό και πολύ συχνά οι μελετητές του έργου του διαφωνούν για την ουσία των αριστοτελικών θέσεων.
Επιπλέον, ο Αριστοτέλης είναι πεπεισμένος ότι κάθε επιστήμη έχει τις δικές της αρχές (τα δικά της αξιώματα), τη δική της μέθοδο και, ως έναν βαθμό, τη δική της γλώσσα. Δεν μπορεί ούτε πρέπει λοιπόν κανείς να επιχειρήσει μια ενοποίηση της ανθρώπινης γνώσης πάνω σε ενιαία θεμέλια. Η αριστοτελική ηθική, για παράδειγμα, δεν μπορεί να εναρμονιστεί με την αριστοτελική φυσική, γιατί η ανθρώπινη πράξη δεν υπόκειται στη φυσική νομοτέλεια και ρυθμίζεται από τους δικούς της ιδιαίτερους κανόνες. Αλλά και μέσα στον χώρο της φύσης οι επιμέρους φυσικές επιστήμες διατηρούν την αυτονομία και την αξία τους: η βιολογία έχει διαφορετικές αρχές και διαφορετική μέθοδο από την κοσμολογία - και οι δύο όμως είναι εξίσου σημαντικές.
Και οι δύο έρευνες έχουν τη χάρη τους. Στην πρώτη περίπτωση η γνώση των αιώνιων ουσιών [των άστρων] έχει τόση αξία, ώστε ακόμη και η ελάχιστη επαφή μαζί τους προσφέρει μεγαλύτερη ικανοποίηση από κάθε άλλη γνωστή μας ηδονή, όπως ακριβώς και το να διακρίνεις έστω και μια φευγαλέα και αποσπασματική εικόνα του έρωτά σου σου δίνει μεγαλύτερη χαρά από την πλήρη θέα πολλών άλλων και σπουδαίων πραγμάτων. Στη δεύτερη περίπτωση η διαφορά είναι ότι η γνώση μας είναι πολύ πιο έγκυρη, αφού γνωρίζουμε καλύτερα πολύ περισσότερες πλευρές των φθαρτών όντων [των ζώων και των φυτών]. Θα έλεγε κανείς ότι το γεγονός ότι είναι πιο κοντά μας, και η φύση τους μας είναι πιο οικεία, εξισορροπεί κατά κάποιο τρόπο την αξία της επιστήμης των θεϊκών ουσιών. […] Γιατί ακόμη και αυτά που δεν παρουσιάζουν την παραμικρή χάρη στην όψη, η φύση τα δημιούργησε έτσι ώστε η θεωρία τους να προσφέρει ασύλληπτες ηδονές σε εκείνους που μπορούν να συλλάβουν τις αιτίες, σε όσους είναι πραγματικοί φιλόσοφοι. […] Σε όλα τα έργα της φύσης υπάρχει κάτι αξιοθαύμαστο.
Περί ζώων μορίων 644b22-645a230
Τα γραπτά του Αριστοτέλη δεν είναι ιδιαίτερα ελκυστικά ούτε απευθύνονται στον μέσο αναγνώστη. Η κατανόησή τους προϋποθέτει γνώση της προγενέστερης φιλοσοφικής παράδοσης αλλά και εξοικείωση με το πυκνό, δύσβατο και ξηρό ύφος του φιλοσόφου. Ο Αριστοτέλης, σε αντίθεση με τον Πλάτωνα, δείχνει να μην εμπιστεύεται την καθημερινή γλώσσα με τις ασάφειες της και τα στολίδια της. Πιστεύει ότι για τη φιλοσοφία απαιτείται ειδικό λεξιλόγιο και ιδιαίτερος τρόπος έκφρασης, που στηρίζεται στη σαφήνεια. Μάλιστα, όπως λέει, «μερικές φορές είναι αναγκαίο να πλάθουμε καινούργιους όρους, όταν δεν υπάρχει λέξη που να μπορεί να αποδώσει σωστά κάποιο νόημα» (Κατηγορίαι 7a6-7). Ένα μεγάλο μέρος από τη φιλοσοφική ορολογία που χρησιμοποιούμε ακόμη και σήμερα έχει καθιερωθεί από τον Αριστοτέλη (λ.χ. οι όροι «ύλη», «κατηγορία», «συλλογισμός», «ενέργεια», «δύναμις», «φυσική», «λογική», «εντελέχεια», «συμβεβηκός»).
