Το μόνο γνωστό προϊστορικό υπόγειο ιερό σε όλο τον κόσμο βρίσκεται στη Μάλτα. Το Hypogeum («υπόγεια» στα Ελληνικά) χρονολογείται από το 5.000 π.Χ.,και είναι μια υπόγεια κατασκευή, η οποία αποτελείται από τη διασύνδεση θαλάμων σε τρία επίπεδα.
Ανακαλύφθηκε το 1902 από εργαζόμενους στις κατασκευές, ενώ εργάζονταν στα θεμέλια ενός κτιρίου.
Ο ιερέας Manuel Magri, ένας Ιησουίτης ιερέας, ήταν ο υπεύθυνος σχετικά με την ανασκαφή, αλλά πέθανε το 1907 πριν προλάβει να δημοσιοποιήσει την έκθεση του. Ο Μαλτέζος αρχαιολόγος Sir Θεμιστοκλής Temi Zammit ( Τέμι Ζαμίτ ) ανέλαβε την συνέχεια της ανασκαφής, οπού και αποκάλυψε έναν πλούτο κειμηλίων, όπως η αγγειοπλαστική, ξυλόγλυπτες φιγούρες, στολίδια και φυλαχτά, καθώς και ανθρώπινα σκελετικά υπολείμματα!
Περισσότεροι από 7.000 σκελετοί βρέθηκαν στους θαλάμους κοντά στην είσοδο. Οι φωτογραφίες του Δρ Anton Mifsud και του συνάδελφού του του Δρ Charles Savona Ventura μαρτυρούν την ύπαρξή τους.
Μέχρι το 1985, μια σειρά από αυτά τα παράξενα, επιμήκη κρανίαείχαν εκτεθεί στο Αρχαιολογικό Μουσείο στη Βαλέτα. Σήμερα, υπάρχουν μόνο 7 κρανία. Τα υπόλοιποι έχουν εξαφανιστεί, μαζί με τους 7.000 σκελετούς από το Hypogeum και δεν έχουν ανακτηθεί από τότε.
Το Hypogeum άνοιξε για πρώτη φορά στους επισκέπτες το 1908 και έχει συμπεριληφθεί στη λίστα της Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς της UNESCO από το 1980.