Η σπηλαιολογική σημασία του είναι μεγάλη
Ένα από τα σπουδαιότερα ιστορικά σπήλαια της Κρήτης βρίσκεται στον νομό Ρεθύμνου.
Το Σπήλαιο Μελιδονίου, γνωστό και ως Γεροντόσπηλιος είναι ένα αξιοθαύμαστο δημιούργημα της φύσης σε υψόμετρο 220 μέτρων, στα νότια του βουνού Κουλούκωνα, κοντά στο ομώνυμο χωριό.
Σταλακτίτες, σταλαγμίτες, κολόνες συνθέτουν τον επιβλητικό και ατμοσφαιρικό του διάκοσμο ενώ η πρώτη αίθουσα του είναι μια από τις μεγαλύτερες και πιο εντυπωσιακές της Κρήτης.
Ανασκαφές έδειξαν συνεχή χρήση του χώρου από την ύστερη νεολιθική περίοδο έως τα ρωμαϊκά χρόνια, αναδεικνύοντας το μεγάλο αρχαιολογικό ενδιαφέρον του σπηλαίου. Πιστεύεται πως ήταν ένα από τα μεγαλύτερα λατρευτικά σπήλαια της αρχαιότητας, αφιερωμένο στον θεό Ερμή και στον γίγαντα Τάλω.
Ωστόσο η ιστορία του σπηλαίου στιγματίζεται ανεξίτηλα από την τραγωδία του 1824, μια από τις μεγαλύτερες της ελληνικής ιστορίας, όταν την περίοδο της τουρκοκρατίας κάτοικοι της γύρω περιοχής βρήκαν στη σπηλιά καταφύγιο και οχυρώθηκαν.
Πολιορκήθηκαν από τον τουρκικό στρατό για περίπου τρεις μήνες ενώ κάθε προσπάθεια εφόδου για κατάληψη του σπηλαίου απέτυχε. Έτσι, οι πολιορκητές έκλεισαν τα ανοίγματα του σπηλαίου με κλαδιά και άναψαν φωτιές, με αποτέλεσμα 370 άνθρωποι, άνδρες, γυναίκες και παιδιά, να βρουν τραγικό θάνατο από ασφυξία. Τα οστά των μαρτύρων φυλάσσονται σε οστεοφυλάκιο στην πρώτη αίθουσα του σπηλαίου, στην οποία έχει δοθεί το όνομα «Αίθουσα των Ηρώων», κρατώντας άσβεστη τη μνήμη της τραγωδίας.