Η αρχαία Σάμος (Πυθαγόρειο) εθεωρείτο μία από τις σημαντικότερες πόλεις της αρχαιότητας. Τόσο σε αυτήν όσο και στο χώρο του Ηραίου, τα παλαιότερα αρχαιολογικά ευρήματα χρονολογούνται στην 4η χιλιετία π.Χ. Η περίοδος της ακμής της Σάμου τοποθετείται χρονικά στα μέσα του 6ου αι. π.Χ.
Το νησί ήταν μεγάλη ναυτική δύναμη και απέκτησε εμπορικές σχέσεις με τη γειτονική Μικρά Ασία και τις Μεσογειακές χώρες. Οι Σάμιοι ίδρυσαν αποικίες στην ακτή της Ιωνίας, στη Θράκη και τη Δύση.
Η Σάμος είναι ένα από τα καταπράσινα νησιά του νοτιοανατολικού Αιγαίου. Το όνομά της, σύμφωνα με την παράδοση, οφείλεται στον Σάμο, το γιο του Αγκαίου, ο οποίος κατά τη μυθολογία ανακάλυψε το νησί.
Η λέξη Σάμος προέρχεται από τη ρίζα sama που σημαίνει «ψηλά». Αυτή η ονομασία επαληθεύεται από την ύπαρξη δύο ψηλών βουλών, του Κέρκη ή Κερκετέα, στις πλαγιές του οποίου υπάρχουν λείψανα μοναστικής εγκατάστασης, και της Αμπέλου ή Καρβούνη, που οφείλει το όνομά της στα πολλά αμπέλια που καλλιεργούνται στις πλαγιές της.
Η θέση του νησιού στο σταυροδρόμι των θαλάσσιων δρόμων που συνδέουν την κεντρική Ελλάδα με την Ανατολή και την Αφρική ευνόησε την ανάπτυξη και εξέλιξή του σε σπουδαίο κέντρο του ιωνικού πολιτισμού. Ένας πορθμός, ο γνωστός «επταστάδιος», πλάτους 1.500 μ., χωρίζει τη Σάμο από την περιοχή της Ιωνίας, όπου γεννήθηκε ένας σπουδαίος πολιτισμός που έδωσε τα φώτα του σε ολόκληρη την ανθρωπότητα.
Η αρχαία Σάμοςκατελάμβανε τη θέση της σημερινής πόλης του Πυθαγορείου, όπως αποδεικνύουν τα ανασκαφικά δεδομένα στην περιοχή. Τα ίχνη της πρώτης εγκατάστασης ανθρώπων στην αρχαία πόλη χρονολογούνται από την 4η χιλιετία π.Χ., δηλαδή στους Νεολιθικούς χρόνους, και εντοπίζονται στο λόφο του Κάστρου.
Ηραίο της Σάμου
Μια από τις διασημότερες περιοχές της Σάμου. Εδώ, σύμφωνα με την μυθολογία γεννήθηκε η θεά Ήρα κι εδώ λατρεύτηκε όπως φαίνεται και από τα ερείπια του περίφημου αρχαίου ναού που ήταν αφιερωμένος σ' αυτήν.
Βρίσκεται σε απόσταση 8 χλμ. από το Πυθαγόρειο. Ο παραθαλάσσιος οικισμός του θεωρείται ένας από τους ωραιότερους του νησιού. Η πανάρχαια ιστορία του, η αρχιτεκτονική δόμηση του οικισμού που παραμένει πιστή στον παραδοσιακό νησιώτικο ρυθμό, δημιουργούν μια νοσταλγική ατμόσφαιρα που γοητεύει κάθε επισκέπτη.
Μνημείο Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς της UNESCO
Στο Ηραίο της Σάμου βρίσκονται τα ερείπια του ομώνυμου ναού της αρχαιότητας, ο οποίος ήταν αφιερωμένος στην Ήρα, και η χαρακτηριστική εικόνα του είναι η μια μοναδική κολώνα που παραμένει όρθια.
Η περιοχή του Ηραίου ήταν αρχαιότατος τόπος θρησκευτικής λατρείας, κάτι που φαίνεται από το γεγονός ότι στην περιοχή υπάρχουν ερείπια από τουλάχιστον 4 ναούς (Εκατόμπεδος Α' - 8ος αιώνας π.Χ., Εκατόμπεδος Β' - 7ος αιώνας π.Χ., ο ναός των Ροίκου και Θεοδώρου - 6ος αιώνας π.Χ., ο ναός με τη μορφή που σώζεται σήμερα - της εποχής του τυράννου Πολυκράτη 538-522 π.Χ., ναοί ρωμαϊκών χρόνων).
Ο Ηρόδοτος αναφέρει ότι το Ηραίο της Σάμουήταν ο μεγαλύτερος ναός στην Ελλάδα. Είναι δίπτερος ιωνικού ρυθμού, με 155 γιγάντιες κολώνες.
Χαρακτηριστική για το επίπεδο της κατασκευής είναι η ύπαρξη δικτύου πήλινων αγωγών για την αποχέτευση των υδάτων της βροχής.
Από τα αναθήματα που έχουν βρεθεί και παρουσιάζονται στο μουσείο του Βαθέως, φαίνεται ότι η θρησκευτική επιρροή του ναού απλωνόταν σε όλη την Ελλάδα, τη Μικρά Ασία, μέχρι και την Αίγυπτο, συγκρίσιμη με την επιρροή του Μαντείου των Δελφών.
Μέρος του συμπλέγματος του ναού είναι και η Ιερά οδός, στρωμένη με πέτρα, η οποία οδηγούσε στην πρωτεύουσα της Σάμου (το σημερινό Πυθαγόρειο).